کاربرد آنزیمها در تولیدات مختلف لبنی (به ویژه پنیر سازی) باعث افزایش سرعت تولید، افزایش رطوبت، بازیافت پروتئین، افزایش عطر و طعم و غیره میباشد. مهمترین آنزیمهای مورد استفاده در این صنعت عبارتند از:

تولید انواع شربت گلوکز (در غلظتهای مختلف) از ذرت، الکل صنعتی از ذرت، گندم، سیب زمینی و تولید شربت اینورت به وسیله آنزیمها، با توجه به افزایش کیفیت محصول و افزایش سهولت تولید و قابل کنترل بودن فرآیند تولید نسبت به روشهای قدیمی و اسیدی، رو به گسترش میباشد.

مهمترین مشکل در صنایع تولید بیسکوئیت و ویفر، قوی بودن آرد مورد استفاده می­باشد که باعث به وجود آمدن مشکلاتی از قبیل ترد نبودن و سنگینی وزن محصول، جمع شدن و عدم شکل پذیری خمیر، برش نامناسب و مشکلات در بسته بندی و افزایش ضایعات میگردد.

زایلاناز و همی سلولاز دسته ای از آنزیم ها هستند که بوسیله میکرو اورگانیسم ها برای تجزیه ترکیبات دیواره سلول های گیاهی (همی سلولز) تولید می شود.

مالت یا جوانه جو، ماده اصلی تولید نوشیدنی ماءالشعیر و همچنین تولید عصاره مالت می­باشد. ماءالشعیر با داشتن خواص مثبت نسبت به دیگر نوشیدنیهای رایج و گازدار و عصاره مالت به علت داشتن کاربردهای فراوان در صنایع نانوائی، بیسکوئیت، لبنیات و غیره، از پرمصرف­ترین تولیدات در صنایع غذایی می­باشند و آنزیم­ها از مهمترین مواد اولیه تولید ماءالشعیر و عصاره مالت می­باشند.